• Название:

    Теоретические вопросы для устного зачета


  • Размер: 0.18 Мб
  • Формат: DOCX
  • Сообщить о нарушении / Abuse

    Осталось ждать: 20 сек.

Установите безопасный браузер



Предпросмотр документа

Вопрос 1. Память компьютера. Проблема представления химической информации в памяти компьютера. Компьютерные представления химических структур.

Дополнительные вопросы:

1) Используя таблицу ASCII и правила SMILES представьте молекулу толуола в виде последовательности битов:

2) В чем отличие текстовых и бинарных файлов? Какой из данных видов файлов более емкий? Какие форматы используются большинством высокоуровневых программ? Почему стандартные обменные форматы в химии текстовые? Приведите по три примера текстовых и бинарных форматов.

Вопрос 2. Линейные представления. Систематическое название, SMILES, InChI.

Дополнительные вопросы:

1) Для данной молекулы запишите строку SMILES:

2) Для данной SMILES строки изобразите соответствующую молекулу:

O=C(N(C)C1=C2N(C)C=N1)N(C)C2=O

3) Для данного InChI изобразите соответствующую молекулу:

InChI=1S/C8H9NO2/c1-6(10)9-7-2-4-8(11)5-3-7/h2-5,11H1H3,(H,9,10)

Вопрос 3. Матричные представления молекул. Матрица связности, смежности ребер, инцидентности. Таблицы связности молекул.

Дополнительные вопросы:

1) Для данной молекулы постройте матрицы связности, смежности ребер, инцидентности:

2) Для данной молекулы постройте таблицу связности в формате, используемом в pdb файлах:

3) Какие преимущества и недостатки есть у матричных представлений? Почему они не используются для хранения структуры и для чего они вообще используются? Какие из параметров матрицы связности - определитель, след, собственные векторы, собственные числа – инвариантны относительно выбора нумерации атомов?

Вопрос 4. Трехмерные представления структур. Декартово представление и Z-матрица.

Дополнительные вопросы:

1) По данным из pdb файла определите, что за молекула в нем содержится. Определите расстояния между атомами углерода, угол между тройкой атомов ССО.

2) По данному gzmat файлу определите, что за молекула в нем содержится. Определите расстояние между атомами углерода, угол между тройкой атомов ССО, двугранный угол между четверкой атомов ССОН.

Вопрос 5. Обменные форматы файлов. RXN, MOL, PDB форматы.

Дополнительные вопросы:

1) По данному mol файлу определите, какую молекулу он кодирует. Как он изменится, если мы изменим нумерацию атомов? Продемонстрируйте это. Что означают числа 10, 11, и символы V2000 в четвертой строке файла?

2) По данному rxn файлу определите, какую реакцию он кодирует. По содержимому 14 столбца определите, какие атомы в какие переходят в ходе реакции. Согласны ли Вы с таким отображением?

3) Изучите предложенный pdb файл. Содержится ли в нем белковая молекула? Почему Вы так решили? Из каких остатков она состоит? Каковы расстояния между атомами 1 и 7, 9 и 14? Что означают ключевые слова TITLE, REMARK, TER?

Вопрос 6. Литературные базы данных. Полнотекстовые и реферативные базы. Библиографическая ссылка.

Дополнительные вопросы:

1) В чем отличие научной литературы от любой другой? Где можно найти тексты научных статей? Монографий?

2) Приведите 3 примера крупных научных издательств. Кратко расскажите о них.

3) Приведите 3 примера научных журналов. Хотели бы Вы иметь публикации в таких журналах? Почему?

4) Для данного примера статьи (см. приложение) укажите отдельно: название, авторов, их аффилиации, название журнала, номер журнала, год издания, страницы. Какой из этих пунктов не включается в библиографическую ссылку? Что такое DOI статьи? Как он устроен и для чего используется?

Вопрос 7. Реферирование, реферативные базы данных, системы поиска публикаций. Наукометрические показатели: импакт-фактор, квартиль, индекс Хирша.

Дополнительные вопросы:

1) Куда Вы обратитесь, чтобы найти следующие работы?

Hildebrand J. H. Factors Determining Chemical Stability //Chemical Reviews. – 1926. – Т. 2. – №. 4. – С. 395-417.

Wilhelm E. et al. Enthalpy and Internal Energy: Liquids, Solutions and Vapours. – Royal Society of Chemistry, 2017.

Dong D. et al. The crystal structure of Cpf1 in complex with CRISPR RNA //Nature. – 2016. – Т. 532. – №. 7600. – С. 522.

Журкович И. К., Мильман Б. Л. Общая характеристика современных методик анализа. Пример масс-спектрометрии и хромато-масс-спектрометрии //Журнал аналитической химии. – 2009. – Т. 64. – №. 10. – С. 1012-1021.

2) Куда Вы обратитесь, чтобы найти все публикации заданного автора? Куда Вы обратитесь, чтобы определить импакт-фактор и квартиль журнала?

3) Является ли Google Scholar базой данных? Являются ли ими Scopus, Web of Science? Если нет, то чем они являются? Чем отличаются Scopus и WoS?

4) У некоторого исследователя имеются 6 публикаций: статья 2011 года процитирована 6 раз, статья 2013 года процитирована 5 раз, статья 2015 года – 6 раз, статья 2017 года – 7 раз, статьи 2018 и 2019 годов пока не процитированы. Рассчитайте его индекс Хирша.

Вопрос 8. Структурные базы данных. Поиск по структуре, подструктуре, сходству. Обобщенные атомы, атомные группы.

Дополнительные вопросы:

1) Приведите пример структурной базы данных. Обоснуйте, почему выбранная Вами база является структурной.

2) В Reaxys есть следующие обобщенные группы и атомы: AH – любой атом, A – любой атом кроме водорода, QH – любой атом кроме углерода, Q – любой атом кроме углерода и водорода, XH – любой галоген или водород, X – любой галоген, ACY – любая ациклическая группа, ACH – любая ациклическая группа или водород, CYC – любая циклическая группа, CYH – любая циклическая группа или водород. Помимо них, разумеется, в запросах можно использовать символы конкретных атомов.

Имеются следующие молекулы:

1.2.3.4.5.

Создайте запрос общего вида:

где вместо R1, R2 и R3 обобщенные группы или атомы, чтобы ему удовлетворяли структуры 1, 2 и 4 и не удовлетворяли структуры 3 и 5.

3) Как Вы думаете, какие алгоритмы используются в структурном поиске (поиске по структуре, подструктуре, сходству)?

Вопрос 9. Кристаллографические базы данных. Кембриджская структурная база данных.

Дополнительные вопросы:

1) Какие существуют методы исследования кристаллической структуры? Какую информацию можно извлечь из кристаллографических баз данных?

2) Какой формат файлов является стандартом для представления кристаллографической информации? Какая информация в нем содержится?

3) Какие межмолекулярные взаимодействия представлены в Mercury?

4) Как работает поиск конформеров в Mercury? В чем принципиальное различие между поиском конформеров в Mercury и Avogadro?

5) Какие существуют способы визуализации трехмерной структуры молекулы?

Вопрос 10. Методы обработки данных. Аппроксимация. Метод наименьших квадратов.

Дополнительные вопросы:

1) Что такое сглаживание и для чего оно используется?

2) Что такое интерполяция и в чем ее отличие от аппроксимации?

3) В чем разница между аргументами функции и ее параметрами? Что такое аппроксимация? Каким должно быть количество исходных данных для корректной аппроксимации?

4) Принцип работы метода наименьших квадратов. Что такое R2 и для чего он используется при аппроксимации?

5) Уравнение Аррениуса дает зависимость константы скорости от температуры: k=k0e-EaRT, где k0 – предэкспонент, а Ea – энергия активации реакции. В каких координатах эта зависимость линеаризуется?


Приложения

Таблица ASCII.

DEC

OCT

HEX

BIN

SYM

DEC

OCT

HEX

BIN

SYM

0

000

00

00000000

NUL

64

100

40

01000000

@

1

001

01

00000001

SOH

65

101

41

01000001

A

2

002

02

00000010

STX

66

102

42

01000010

B

3

003

03

00000011

ETX

67

103

43

01000011

C

4

004

04

00000100

EOT

68

104

44

01000100

D

5

005

05

00000101

ENQ

69

105

45

01000101

E

6

006

06

00000110

ACK

70

106

46

01000110

F

7

007

07

00000111

BEL

71

107

47

01000111

G

8

010

08

00001000

BS

72

110

48

01001000

H

9

011

09

00001001

HT

73

111

49

01001001

I

10

012

0A

00001010

LF

74

112

4A

01001010

J

11

013

0B

00001011

VT

75

113

4B

01001011

K

12

014

0C

00001100

FF

76

114

4C

01001100

L

13

015

0D

00001101

CR

77

115

4D

01001101

M

14

016

0E

00001110

SO

78

116

4E

01001110

N

15

017

0F

00001111

SI

79

117

4F

01001111

O

16

020

10

00010000

DLE

80

120

50

01010000

P

17

021

11

00010001

DC1

81

121

51

01010001

Q

18

022

12

00010010

DC2

82

122

52

01010010

R

19

023

13

00010011

DC3

83

123

53

01010011

S

20

024

14

00010100

DC4

84

124

54

01010100

T

21

025

15

00010101

NAK

85

125

55

01010101

U

22

026

16

00010110

SYN

86

126

56

01010110

V

23

027

17

00010111

ETB

87

127

57

01010111

W

24

030

18

00011000

CAN

88

130

58

01011000

X

25

031

19

00011001

EM

89

131

59

01011001

Y

26

032

1A

00011010

SUB

90

132

5A

01011010

Z

27

033

1B

00011011

ESC

91

133

5B

01011011

[

28

034

1C

00011100

FS

92

134

5C

01011100

\

29

035

1D

00011101

GS

93

135

5D

01011101

]

30

036

1E

00011110

RS

94

136

5E

01011110

^

31

037

1F

00011111

US

95

137

5F

01011111

_

32

040

20

00100000

32

96

140

60

01100000

`

33

041

21

00100001

33

97

141

61

01100001

a

34

042

22

00100010

34

98

142

62

01100010

b

35

043

23

00100011

35

99

143

63

01100011

c

36

044

24

00100100

36

100

144

64

01100100

d

37

045

25

00100101

37

101

145

65

01100101

e

38

046

26

00100110

38

102

146

66

01100110

f

39

047

27

00100111

39

103

147

67

01100111

g

40

050

28

00101000

40

104

150

68

01101000

h

41

051

29

00101001

41

105

151

69

01101001

i

42

052

2A

00101010

42

106

152

6A

01101010

j

43

053

2B

00101011

43

107

153

6B

01101011

k

44

054

2C

00101100

44

108

154

6C

01101100

l

45

055

2D

00101101

45

109

155

6D

01101101

m

46

056

2E

00101110

46

110

156

6E

01101110

n

47

057

2F

00101111

47

111

157

6F

01101111

o

48

060

30

00110000

48

112

160

70

01110000

p

49

061

31

00110001

1

113

161

71

01110001

q

50

062

32

00110010

2

114

162

72

01110010

r

51

063

33

00110011

3

115

163

73

01110011

s

52

064

34

00110100

4

116

164

74

01110100

t

53

065

35

00110101

5

117

165

75

01110101

u

54

066

36

00110110

6

118

166

76

01110110

v

55

067

37

00110111

7

119

167

77

01110111

w

56

070

38

00111000

8

120

170

78

01111000

x

57

071

39

00111001

9

121

171

79

01111001

y

58

072

3A

00111010

:

122

172

7A

01111010

z

59

073

3B

00111011

;

123

173

7B

01111011

{

60

074

3C

00111100

<

124

174

7C

01111100

|

61

075

3D

00111101

=

125

175

7D

01111101

}

62

076

3E

00111110

>

126

176

7E

01111110

~

63

077

3F

00111111

?

127

177

7F

01111111


PDB файл для вопроса 4

HETATM 1 C 1 -0.976 -0.284 0.149 C

HETATM 2 C 1 0.444 0.264 0.149 C

HETATM 3 H 1 -1.512 0.071 1.058 H

HETATM 4 H 1 -1.511 0.073 -0.759 H

HETATM 5 H 1 -0.945 -1.397 0.149 H

HETATM 6 H 1 0.979 -0.094 1.058 H

HETATM 7 H 1 0.413 1.376 0.150 H

HETATM 8 O 1 1.119 -0.184 -0.996 O

HETATM 9 H 1 1.989 0.175 -0.959 H

CONECT 1 2 3 4 5

CONECT 2 1 6 7 8

CONECT 3 1

CONECT 4 1

CONECT 5 1

CONECT 6 2

CONECT 7 2

CONECT 8 2 9

CONECT 9 8

END


GZMAT файл для вопроса 4

0 1

C

C 1 r2

H 1 r3 2 a3

H 1 r4 2 a4 3 d4

H 1 r5 2 a5 3 d5

H 2 r6 1 a6 3 d6

H 2 r7 1 a7 3 d7

O 2 r8 1 a8 3 d8

H 8 r9 2 a9 1 d9

Variables:

r2= 1.5221

r3= 1.1134

a3= 109.53

r4= 1.1127

a4= 109.45

d4= 119.96

r5= 1.1134

a5= 109.51

d5= 240.03

r6= 1.1139

a6= 109.41

d6= 60.05

r7= 1.1124

a7= 109.51

d7= 300.02

r8= 1.4026

a8= 109.51

d8= 179.97

r9= 0.9419

a9= 106.90

d9= 179.98


MOL файл для вопроса 5

####

some title

10 11 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000

0.8643 0.2549 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1.3492 -0.4125 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

0.8643 -1.0799 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

0.0797 -0.8250 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

-0.6348 -1.2375 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

-1.3492 -0.8250 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

-1.3492 0.0000 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

-0.6348 0.4125 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

0.0797 0.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

-0.6348 1.2375 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 2 2 0

2 3 1 0

3 4 1 0

4 5 2 0

5 6 1 0

6 7 2 0

7 8 1 0

8 9 2 0

1 9 1 0

4 9 1 0

8 10 1 0

M END


RXN файл для вопроса 5

$RXN

ehterification

ChemDraw11251901442D

2 2

$MOL

4 3 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000

-0.6166 -0.7120 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0

-0.2055 -0.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0

-0.6166 0.7120 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0

0.6166 -0.0000 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0

1 2 1 0 0

2 3 2 0 0

2 4 1 0 0

M END

$MOL

3 2 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000

0.6166 -0.3560 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0

-0.2055 -0.3560 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0

-0.6166 0.3560 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0

1 2 1 0 0

2 3 1 0 4

M END

$MOL

6 5 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000

-1.2332 -0.7120 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0

-0.8221 -0.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0

-1.2332 0.7120 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0

-0.0000 -0.0000 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0

0.4111 0.7120 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0

1.2332 0.7120 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0

1 2 1 0 0

2 3 2 0 0

2 4 1 0 0

4 5 1 0 4

5 6 1 0 0

M END

$MOL

3 2 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000

-0.6166 -0.3560 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

-0.2055 0.3560 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0

0.6166 0.3560 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 2 1 0 0

2 3 1 0 0

M END


PDB файл для вопроса 5

TITLE frame t= 1.000

REMARK THIS IS A SIMULATION BOX

CRYST1 23.431 15.965 19.450 90.00 90.00 90.00 P 1 1

MODEL 1

ATOM 1 CA ACE 1 -3.450 -5.680 -18.700 1.00 0.00

ATOM 2 HA1 ACE 1 -3.831 -5.509 -19.608 1.00 0.00

ATOM 3 HA2 ACE 1 -2.586 -5.186 -18.603 1.00 0.00

ATOM 4 HA3 ACE 1 -3.289 -6.660 -18.585 1.00 0.00

ATOM 5 C ACE 1 -4.430 -5.200 -17.640 1.00 0.00

ATOM 6 O ACE 1 -4.170 -5.310 -16.450 1.00 0.00

ATOM 7 N GLY 2 -5.660 -4.890 -18.070 1.00 0.00

ATOM 8 H GLY 2 -5.870 -4.990 -19.050 1.00 0.00

ATOM 9 CA GLY 2 -6.690 -4.430 -17.160 1.00 0.00

ATOM 10 HA1 GLY 2 -6.343 -3.627 -16.675 1.00 0.00

ATOM 11 HA2 GLY 2 -7.492 -4.173 -17.700 1.00 0.00

ATOM 12 C GLY 2 -7.060 -5.510 -16.170 1.00 0.00

ATOM 13 O GLY 2 -7.060 -5.290 -14.960 1.00 0.00

ATOM 14 N LYS 3 -7.120 -6.760 -16.670 1.00 0.00

ATOM 15 H LYS 3 -6.930 -6.900 -17.630 1.00 0.00

ATOM 16 CA LYS 3 -7.460 -7.900 -15.830 1.00 0.00

ATOM 17 HA LYS 3 -8.323 -7.677 -15.377 1.00 0.00

ATOM 18 CB LYS 3 -7.640 -9.150 -16.680 1.00 0.00

ATOM 19 HB1 LYS 3 -6.819 -9.271 -17.237 1.00 0.00

ATOM 20 HB2 LYS 3 -7.745 -9.933 -16.067 1.00 0.00

ATOM 21 CG LYS 3 -8.850 -9.100 -17.610 1.00 0.00

ATOM 22 HG1 LYS 3 -9.679 -8.986 -17.062 1.00 0.00

ATOM 23 HG2 LYS 3 -8.752 -8.323 -18.232 1.00 0.00

ATOM 24 CD LYS 3 -8.970 -10.380 -18.430 1.00 0.00

ATOM 25 HD1 LYS 3 -8.144 -10.496 -18.982 1.00 0.00

ATOM 26 HD2 LYS 3 -9.069 -11.159 -17.811 1.00 0.00

ATOM 27 CE LYS 3 -10.170 -10.330 -19.350 1.00 0.00

ATOM 28 HE1 LYS 3 -10.999 -10.215 -18.802 1.00 0.00

ATOM 29 HE2 LYS 3 -10.073 -9.554 -19.974 1.00 0.00

ATOM 30 NZ LYS 3 -10.310 -11.570 -20.160 1.00 0.00

ATOM 31 HZ1 LYS 3 -11.110 -11.500 -20.740 1.00 0.00

ATOM 32 HZ2 LYS 3 -9.490 -11.690 -20.710 1.00 0.00

ATOM 33 HZ3 LYS 3 -10.420 -12.350 -19.540 1.00 0.00

ATOM 34 C LYS 3 -6.380 -8.110 -14.790 1.00 0.00

ATOM 35 O LYS 3 -6.670 -8.210 -13.600 1.00 0.00

ATOM 36 N LYS 4 -5.120 -7.940 -15.190 1.00 0.00

ATOM 37 H LYS 4 -4.940 -7.680 -16.150 1.00 0.00

ATOM 38 CA LYS 4 -3.980 -8.120 -14.300 1.00 0.00

ATOM 39 HA LYS 4 -4.070 -9.034 -13.905 1.00 0.00

ATOM 40 CB LYS 4 -2.670 -8.040 -15.080 1.00 0.00

ATOM 41 HB1 LYS 4 -2.665 -7.187 -15.602 1.00 0.00

ATOM 42 HB2 LYS 4 -1.913 -8.035 -14.426 1.00 0.00

ATOM 43 CG LYS 4 -2.460 -9.200 -16.050 1.00 0.00

ATOM 44 HG1 LYS 4 -2.460 -10.061 -15.541 1.00 0.00

ATOM 45 HG2 LYS 4 -3.202 -9.209 -16.720 1.00 0.00

ATOM 46 CD LYS 4 -1.140 -9.060 -16.780 1.00 0.00

ATOM 47 HD1 LYS 4 -1.142 -8.200 -17.290 1.00 0.00

ATOM 48 HD2 LYS 4 -0.399 -9.047 -16.109 1.00 0.00

ATOM 49 CE LYS 4 -0.920 -10.220 -17.750 1.00 0.00

ATOM 50 HE1 LYS 4 -0.917 -11.083 -17.244 1.00 0.00

ATOM 51 HE2 LYS 4 -1.656 -10.234 -18.427 1.00 0.00

ATOM 52 NZ LYS 4 0.370 -10.100 -18.470 1.00 0.00

ATOM 53 HZ1 LYS 4 0.470 -10.880 -19.100 1.00 0.00

ATOM 54 HZ2 LYS 4 0.380 -9.250 -19.000 1.00 0.00

ATOM 55 HZ3 LYS 4 1.120 -10.100 -17.820 1.00 0.00

ATOM 56 C LYS 4 -4.020 -7.060 -13.200 1.00 0.00

ATOM 57 O LYS 4 -3.950 -7.390 -12.020 1.00 0.00

ATOM 58 N LEU 5 -4.380 -5.830 -13.580 1.00 0.00

ATOM 59 H LEU 5 -4.600 -5.660 -14.540 1.00 0.00

ATOM 60 CA LEU 5 -4.460 -4.730 -12.640 1.00 0.00

ATOM 61 HA LEU 5 -3.569 -4.688 -12.188 1.00 0.00

ATOM 62 CB LEU 5 -4.710 -3.420 -13.370 1.00 0.00

ATOM 63 HB1 LEU 5 -5.547 -3.531 -13.905 1.00 0.00

ATOM 64 HB2 LEU 5 -4.849 -2.713 -12.677 1.00 0.00

ATOM 65 CG LEU 5 -3.600 -2.940 -14.320 1.00 0.00

ATOM 66 HG LEU 5 -3.414 -3.677 -14.970 1.00 0.00

ATOM 67 CD1 LEU 5 -4.030 -1.700 -15.080 1.00 0.00

ATOM 68 1HD1 LEU 5 -3.292 -1.410 -15.689 1.00 0.00

ATOM 69 2HD1 LEU 5 -4.846 -1.906 -15.620 1.00 0.00

ATOM 70 3HD1 LEU 5 -4.236 -0.967 -14.432 1.00 0.00

ATOM 71 CD2 LEU 5 -2.340 -2.590 -13.530 1.00 0.00

ATOM 72 1HD2 LEU 5 -1.627 -2.280 -14.159 1.00 0.00

ATOM 73 2HD2 LEU 5 -2.548 -1.862 -12.877 1.00 0.00

ATOM 74 3HD2 LEU 5 -2.020 -3.399 -13.037 1.00 0.00

ATOM 75 C LEU 5 -5.550 -5.000 -11.610 1.00 0.00

ATOM 76 O LEU 5 -5.310 -4.920 -10.410 1.00 0.00

ATOM 77 N ALA 6 -6.670 -5.540 -12.090 1.00 0.00

ATOM 78 H ALA 6 -6.740 -5.750 -13.060 1.00 0.00

ATOM 79 CA ALA 6 -7.800 -5.840 -11.220 1.00 0.00

ATOM 80 HA ALA 6 -8.010 -4.986 -10.744 1.00 0.00

ATOM 81 CB ALA 6 -9.020 -6.280 -12.040 1.00 0.00

ATOM 82 HB1 ALA 6 -9.781 -6.480 -11.423 1.00 0.00

ATOM 83 HB2 ALA 6 -9.283 -5.546 -12.667 1.00 0.00

ATOM 84 HB3 ALA 6 -8.791 -7.100 -12.564 1.00 0.00

ATOM 85 C ALA 6 -7.410 -6.920 -10.210 1.00 0.00

ATOM 86 O ALA 6 -7.600 -6.750 -9.010 1.00 0.00

ATOM 87 N LEU 7 -6.650 -7.910 -10.690 1.00 0.00

ATOM 88 H LEU 7 -6.380 -7.910 -11.650 1.00 0.00

ATOM 89 CA LEU 7 -6.210 -9.000 -9.840 1.00 0.00

ATOM 90 HA LEU 7 -7.035 -9.371 -9.413 1.00 0.00

ATOM 91 CB LEU 7 -5.520 -10.080 -10.680 1.00 0.00

ATOM 92 HB1 LEU 7 -4.773 -9.643 -11.181 1.00 0.00

ATOM 93 HB2 LEU 7 -5.145 -10.760 -10.050 1.00 0.00

ATOM 94 CG LEU 7 -6.400 -10.820 -11.700 1.00 0.00

ATOM 95 HG LEU 7 -6.840 -10.134 -12.280 1.00 0.00

ATOM 96 CD1 LEU 7 -5.560 -11.760 -12.560 1.00 0.00

ATOM 97 1HD1 LEU 7 -6.151 -12.230 -13.215 1.00 0.00

ATOM 98 2HD1 LEU 7 -4.869 -11.232 -13.054 1.00 0.00

ATOM 99 3HD1 LEU 7 -5.109 -12.434 -11.975 1.00 0.00

ATOM 100 CD2 LEU 7 -7.460 -11.650 -10.990 1.00 0.00

ATOM 101 1HD2 LEU 7 -8.022 -12.124 -11.668 1.00 0.00

ATOM 102 2HD2 LEU 7 -7.016 -12.322 -10.398 1.00 0.00

ATOM 103 3HD2 LEU 7 -8.039 -11.050 -10.438 1.00 0.00

ATOM 104 C LEU 7 -5.280 -8.480 -8.760 1.00 0.00

ATOM 105 O LEU 7 -5.480 -8.760 -7.580 1.00 0.00

ATOM 106 N ALA 8 -4.400 -7.550 -9.140 1.00 0.00

ATOM 107 H ALA 8 -4.410 -7.240 -10.090 1.00 0.00

ATOM 108 CA ALA 8 -3.450 -6.970 -8.210 1.00 0.00

ATOM 109 HA ALA 8 -2.968 -7.739 -7.791 1.00 0.00

ATOM 110 CB ALA 8 -2.450 -6.070 -8.960 1.00 0.00

ATOM 111 HB1 ALA 8 -1.801 -5.677 -8.308 1.00 0.00

ATOM 112 HB2 ALA 8 -1.954 -6.614 -9.637 1.00 0.00

ATOM 113 HB3 ALA 8 -2.945 -5.334 -9.422 1.00 0.00

ATOM 114 C ALA 8 -4.190 -6.190 -7.130 1.00 0.00

ATOM 115 O ALA 8 -3.950 -6.400 -5.940 1.00 0.00

ATOM 116 N LEU 9 -5.230 -5.470 -7.540 1.00 0.00

ATOM 117 H LEU 9 -5.480 -5.480 -8.510 1.00 0.00

ATOM 118 CA LEU 9 -6.030 -4.670 -6.630 1.00 0.00

ATOM 119 HA LEU 9 -5.387 -4.062 -6.164 1.00 0.00

ATOM 120 CB LEU 9 -7.040 -3.820 -7.380 1.00 0.00

ATOM 121 HB1 LEU 9 -7.597 -4.435 -7.938 1.00 0.00

ATOM 122 HB2 LEU 9 -7.619 -3.369 -6.701 1.00 0.00

ATOM 123 CG LEU 9 -6.460 -2.740 -8.300 1.00 0.00

ATOM 124 HG LEU 9 -5.813 -3.185 -8.920 1.00 0.00

ATOM 125 CD1 LEU 9 -7.560 -2.070 -9.110 1.00 0.00

ATOM 126 1HD1 LEU 9 -7.159 -1.371 -9.702 1.00 0.00

ATOM 127 2HD1 LEU 9 -8.025 -2.755 -9.671 1.00 0.00

ATOM 128 3HD1 LEU 9 -8.219 -1.644 -8.490 1.00 0.00

ATOM 129 CD2 LEU 9 -5.740 -1.670 -7.490 1.00 0.00

ATOM 130 1HD2 LEU 9 -5.370 -0.977 -8.108 1.00 0.00

ATOM 131 2HD2 LEU 9 -6.384 -1.242 -6.856 1.00 0.00

ATOM 132 3HD2 LEU 9 -4.993 -2.089 -6.974 1.00 0.00

ATOM 133 C LEU 9 -6.730 -5.580 -5.630 1.00 0.00

ATOM 134 O LEU 9 -6.630 -5.370 -4.420 1.00 0.00

ATOM 135 N ALA 10 -7.240 -6.710 -6.110 1.00 0.00

ATOM 136 H ALA 10 -7.120 -6.910 -7.090 1.00 0.00

ATOM 137 CA ALA 10 -7.930 -7.670 -5.280 1.00 0.00

ATOM 138 HA ALA 10 -8.648 -7.144 -4.825 1.00 0.00

ATOM 139 CB ALA 10 -8.560 -8.790 -6.130 1.00 0.00

ATOM 140 HB1 ALA 10 -9.030 -9.439 -5.531 1.00 0.00

ATOM 141 HB2 ALA 10 -9.216 -8.393 -6.771 1.00 0.00

ATOM 142 HB3 ALA 10 -7.843 -9.266 -6.639 1.00 0.00

ATOM 143 C ALA 10 -6.980 -8.250 -4.240 1.00 0.00

ATOM 144 O ALA 10 -7.270 -8.250 -3.050 1.00 0.00

ATOM 145 N LEU 11 -5.740 -8.540 -4.680 1.00 0.00

ATOM 146 H LEU 11 -5.510 -8.350 -5.640 1.00 0.00

ATOM 147 CA LEU 11 -4.730 -9.100 -3.800 1.00 0.00

ATOM 148 HA LEU 11 -5.131 -9.916 -3.385 1.00 0.00

ATOM 149 CB LEU 11 -3.490 -9.480 -4.610 1.00 0.00

ATOM 150 HB1 LEU 11 -3.190 -8.665 -5.106 1.00 0.00

ATOM 151 HB2 LEU 11 -2.779 -9.757 -3.964 1.00 0.00

ATOM 152 CG LEU 11 -3.660 -10.610 -5.630 1.00 0.00

ATOM 153 HG LEU 11 -4.422 -10.367 -6.230 1.00 0.00

ATOM 154 CD1 LEU 11 -2.390 -10.790 -6.450 1.00 0.00

ATOM 155 1HD1 LEU 11 -2.521 -11.531 -7.109 1.00 0.00

ATOM 156 2HD1 LEU 11 -2.186 -9.942 -6.938 1.00 0.00

ATOM 157 3HD1 LEU 11 -1.629 -11.016 -5.841 1.00 0.00

ATOM 158 CD2 LEU 11 -3.970 -11.920 -4.940 1.00 0.00

ATOM 159 1HD2 LEU 11 -4.076 -12.641 -5.625 1.00 0.00

ATOM 160 2HD2 LEU 11 -3.221 -12.156 -4.321 1.00 0.00

ATOM 161 3HD2 LEU 11 -4.818 -11.829 -4.418 1.00 0.00

ATOM 162 C LEU 11 -4.380 -8.100 -2.710 1.00 0.00

ATOM 163 O LEU 11 -4.410 -8.440 -1.520 1.00 0.00

ATOM 164 N ALA 12 -4.290 -6.820 -3.080 1.00 0.00

ATOM 165 H ALA 12 -4.460 -6.580 -4.030 1.00 0.00

ATOM 166 CA ALA 12 -3.970 -5.780 -2.140 1.00 0.00

ATOM 167 HA ALA 12 -3.121 -6.084 -1.708 1.00 0.00

ATOM 168 CB ALA 12 -3.760 -4.440 -2.860 1.00 0.00

ATOM 169 HB1 ALA 12 -3.539 -3.732 -2.189 1.00 0.00

ATOM 170 HB2 ALA 12 -3.008 -4.527 -3.513 1.00 0.00

ATOM 171 HB3 ALA 12 -4.597 -4.188 -3.347 1.00 0.00

ATOM 172 C ALA 12 -5.060 -5.650 -1.090 1.00 0.00

ATOM 173 O ALA 12 -4.790 -5.670 0.100 1.00 0.00

ATOM 174 N LEU 13 -6.320 -5.760 -1.540 1.00 0.00

ATOM 175 H LEU 13 -6.470 -5.930 -2.520 1.00 0.00

ATOM 176 CA LEU 13 -7.460 -5.660 -0.660 1.00 0.00

ATOM 177 HA LEU 13 -7.348 -4.789 -0.182 1.00 0.00

ATOM 178 CB LEU 13 -8.760 -5.650 -1.460 1.00 0.00

ATOM 179 HB1 LEU 13 -8.773 -6.474 -2.027 1.00 0.00

ATOM 180 HB2 LEU 13 -9.517 -5.682 -0.808 1.00 0.00

ATOM 181 CG LEU 13 -8.980 -4.440 -2.380 1.00 0.00

ATOM 182 HG LEU 13 -8.181 -4.366 -2.977 1.00 0.00

ATOM 183 CD1 LEU 13 -10.230 -4.620 -3.220 1.00 0.00

ATOM 184 1HD1 LEU 13 -10.353 -3.822 -3.810 1.00 0.00

ATOM 185 2HD1 LEU 13 -10.137 -5.440 -3.784 1.00 0.00

ATOM 186 3HD1 LEU 13 -11.024 -4.716 -2.620 1.00 0.00

ATOM 187 CD2 LEU 13 -9.140 -3.160 -1.570 1.00 0.00

ATOM 188 1HD2 LEU 13 -9.282 -2.389 -2.190 1.00 0.00

ATOM 189 2HD2 LEU 13 -9.928 -3.247 -0.961 1.00 0.00

ATOM 190 3HD2 LEU 13 -8.315 -3.004 -1.027 1.00 0.00

ATOM 191 C LEU 13 -7.460 -6.810 0.340 1.00 0.00

ATOM 192 O LEU 13 -7.550 -6.590 1.540 1.00 0.00

ATOM 193 N LYS 14 -7.100 -8.000 -0.150 1.00 0.00

ATOM 194 H LYS 14 -6.860 -8.080 -1.110 1.00 0.00

ATOM 195 CA LYS 14 -7.050 -9.180 0.690 1.00 0.00

ATOM 196 HA LYS 14 -7.947 -9.237 1.128 1.00 0.00

ATOM 197 CB LYS 14 -6.800 -10.430 -0.150 1.00 0.00

ATOM 198 HB1 LYS 14 -5.974 -10.281 -0.694 1.00 0.00

ATOM 199 HB2 LYS 14 -6.655 -11.200 0.471 1.00 0.00

ATOM 200 CG LYS 14 -7.940 -10.790 -1.100 1.00 0.00

ATOM 201 HG1 LYS 14 -8.769 -10.959 -0.567 1.00 0.00

ATOM 202 HG2 LYS 14 -8.096 -10.027 -1.727 1.00 0.00

ATOM 203 CD LYS 14 -7.620 -12.030 -1.910 1.00 0.00

ATOM 204 HD1 LYS 14 -6.791 -11.861 -2.443 1.00 0.00

ATOM 205 HD2 LYS 14 -7.464 -12.793 -1.283 1.00 0.00

ATOM 206 CE LYS 14 -8.760 -12.390 -2.860 1.00 0.00

ATOM 207 HE1 LYS 14 -9.591 -12.559 -2.331 1.00 0.00

ATOM 208 HE2 LYS 14 -8.916 -11.631 -3.492 1.00 0.00

ATOM 209 NZ LYS 14 -8.460 -13.610 -3.660 1.00 0.00

ATOM 210 HZ1 LYS 14 -9.230 -13.800 -4.260 1.00 0.00

ATOM 211 HZ2 LYS 14 -7.640 -13.460 -4.210 1.00 0.00

ATOM 212 HZ3 LYS 14 -8.310 -14.380 -3.040 1.00 0.00

ATOM 213 C LYS 14 -5.980 -9.030 1.750 1.00 0.00

ATOM 214 O LYS 14 -6.250 -9.220 2.940 1.00 0.00

ATOM 215 N LYS 15 -4.850 -8.450 1.360 1.00 0.00

ATOM 216 H LYS 15 -4.750 -8.160 0.410 1.00 0.00

ATOM 217 CA LYS 15 -3.730 -8.250 2.270 1.00 0.00

ATOM 218 HA LYS 15 -3.523 -9.146 2.663 1.00 0.00

ATOM 219 CB LYS 15 -2.510 -7.740 1.520 1.00 0.00

ATOM 220 HB1 LYS 15 -2.782 -6.935 0.993 1.00 0.00

ATOM 221 HB2 LYS 15 -1.816 -7.480 2.192 1.00 0.00

ATOM 222 CG LYS 15 -1.900 -8.770 0.560 1.00 0.00

ATOM 223 HG1 LYS 15 -1.619 -9.578 1.079 1.00 0.00

ATOM 224 HG2 LYS 15 -2.585 -9.032 -0.120 1.00 0.00

ATOM 225 CD LYS 15 -0.690 -8.210 -0.160 1.00 0.00

ATOM 226 HD1 LYS 15 -0.966 -7.401 -0.680 1.00 0.00

ATOM 227 HD2 LYS 15 0.000 -7.952 0.516 1.00 0.00

ATOM 228 CE LYS 15 -0.090 -9.220 -1.110 1.00 0.00

ATOM 229 HE1 LYS 15 0.189 -10.030 -0.594 1.00 0.00

ATOM 230 HE2 LYS 15 -0.776 -9.478 -1.791 1.00 0.00

ATOM 231 NZ LYS 15 1.100 -8.680 -1.820 1.00 0.00

ATOM 232 HZ1 LYS 15 1.460 -9.380 -2.440 1.00 0.00

ATOM 233 HZ2 LYS 15 0.840 -7.870 -2.350 1.00 0.00

ATOM 234 HZ3 LYS 15 1.800 -8.440 -1.160 1.00 0.00

ATOM 235 C LYS 15 -4.130 -7.260 3.360 1.00 0.00

ATOM 236 O LYS 15 -3.970 -7.550 4.550 1.00 0.00

ATOM 237 N ALA 16 -4.870 -6.230 2.980 1.00 0.00

ATOM 238 H ALA 16 -5.120 -6.140 2.010 1.00 0.00

ATOM 239 CA ALA 16 -5.320 -5.210 3.910 1.00 0.00

ATOM 240 HA ALA 16 -4.494 -4.891 4.375 1.00 0.00

ATOM 241 CB ALA 16 -5.990 -4.040 3.160 1.00 0.00

ATOM 242 HB1 ALA 16 -6.291 -3.351 3.819 1.00 0.00

ATOM 243 HB2 ALA 16 -5.334 -3.631 2.526 1.00 0.00

ATOM 244 HB3 ALA 16 -6.779 -4.380 2.649 1.00 0.00

ATOM 245 C ALA 16 -6.290 -5.820 4.920 1.00 0.00

ATOM 246 O ALA 16 -6.100 -5.670 6.120 1.00 0.00

ATOM 247 N NH2 17 -7.150 -6.700 4.430 1.00 0.00

ATOM 248 H1 NH2 17 -7.150 -6.940 3.460 1.00 0.00

ATOM 249 H2 NH2 17 -7.820 -7.140 5.050 1.00 0.00

TER

ENDMDL


Статья для вопроса 6